Ограничения метода 5-Why's включают зависимость от субъективности анализирующего, возможное возникновение ложных причинно-следственных связей и необходимость экспертных знаний для правильного построения цепочки. Метод не всегда учитывает сложные взаимовлияния множественных факторов и требует чёткого определения границ анализа, чтобы не уйти в сферу нерелевантных или нерешаемых проблем. Для повышения точности рекомендуется комбинировать его с количественными методами анализа.