Некоторые организации сталкиваются с трудностями при внедрении практики управления конфигурациями по нескольким причинам. Во-первых, часто CMS создается без чёткого понимания её конечных целей и потребностей бизнеса, превращаясь в самоцель. Во-вторых, отсутствует должная вовлечённость процессов и команд, которые должны использовать данные из CMS, что приводит к низкой актуальности информации. В-третьих, неправильно определяется начальный объём данных, что ведёт к избыточному сбору информации, никем не используемой в дальнейшем. В-четвёртых, не устанавливаются механизмы поддержания актуальности данных и не определяются владельцы информации. Все эти факторы приводят к тому, что система становится неэффективной и перестаёт достигать поставленных целей.