Полезный эффект от гибкой разработки нивелируется тем, что разработка кода — лишь одно из звеньев в цепочке создания ценности. До начала разработки имеется значительный блок работ по выявлению бизнес-потребностей, их проработке, анализу и приоритизации. После разработки готовый код необходимо быстро развернуть в среде эксплуатации, но ИТ-инфраструктура во многих организациях является жёсткой, основанной на дорогом аппаратном обеспечении с долгим бюджетным процессом. Кроме того, инфраструктура находится в хрупком состоянии из-за комплексности решений, слабого документирования, устаревания знаний и текучки кадров. Передовые методы разработки ПО упираются в барьеры со стороны подразделений эксплуатации, что нивелирует положительный эффект Agile.