При неправильном применении методологий управления проектами могут возникать различные проблемы, главная из которых — отсутствие ожидаемого эффекта от внедрения новой системы. Например, если команды внедряют Kanban-метод, но сотрудники не мотивированы брать новые задачи после завершения текущих, то отсутствие входящего потока задач приведёт к остановке всего процесса. Также могут наблюдаться проблемы с соблюдением сроков, чрезмерной бюрократией и формализмом, что снижает гибкость работы. Это происходит потому, что методология внедряется формально, без учёта специфики организации и особенностей команды. Неправильное применение может усугубить существующие проблемы, вызвать разочарование среди сотрудников и сделать дальнейшие попытки внедрения изменений менее успешными.