При ведении детального конфигурационного учёта возникают две основные проблемы. Во-первых, техническая сложность измерения и автоматизации учёта потребляемых ресурсов между всеми компонентами системы. Во-вторых, трудоёмкость формирования детальной карты взаимодействия компонентов, особенно в случае слабо документированных приложений. Это может потребовать проведения тотального рефакторинга для приведения реализации в соответствие с принятыми стандартами. Для компаний, использующих готовое ПО, детальный учёт внутренних компонентов обычно не требуется, так как они не управляют внутренней структурой приложения.