Основные проблемы включают сложность проведения четких границ учета, необходимость разработки и поддержки актуальных классификаторов, интеграцию данных из различных источников (например, систем поддержки и проектного управления). Также возникают трудности с оценкой трудозатрат менеджмента низшего и среднего звена, возможное искажение данных сотрудниками и сложности учета подрядчиков и пакетного финансирования команд разработки.