Без прямого подчинения ресурсам менеджер процесса сталкивается с трудностями в принудительном управлении: невозможностью напрямую распределять задачи, контролировать исполнение, применять кадровые меры. Это приводит к необходимости выстраивать взаимодействие через убеждение, создание общих целей, поиск компромиссов между подразделениями. Также могут возникать конфликты приоритетов, когда задачи процесса конкурируют с оперативными задачами подразделений, и менеджер процесса не имеет рычагов для безусловного утверждения своих приоритетов.