Основными сложностями технической реализации ИТ-бюджетирования являются недостаток специализированного программного обеспечения, способного выполнить комплексные шаги, особенно начиная с третьего этапа: планирования ресурсного обеспечения, расчета стоимости услуг с аллокацией косвенных затрат и формирования альтернативных бюджетов. Существующие системы часто не обеспечивают необходимой гибкости и аналитической мощности для работы с несколькими сценариями, что критично, так как финансирование редко совпадает с запрошенным объемом.