Проблемы интеграции проявляются в следующих аспектах: различиях в детализации учёта финансов между системами, в системах учёта договоров может отсутствовать спецификация с перечнем позиций, в бухгалтерских системах может не учитываться нематериальные активы, инфраструктурные объекты могут группироваться в комплекты с описанием в текстовом комментарии. Это создаёт сложности при попытке получить точные данные по затратам на конкретную конфигурационную единицу. Также сложности возникают при сверке данных, особенно если есть договоры в иностранной валюте, которые требуют конвертации и учёта колебаний курса. Все эти проблемы делают процесс обеспечения консистентности данных сложным и требующим специальных решений.