Организационная структура оказывает значительное влияние на управление проблемами. В организациях с запутанными и сложными структурами часто появляется необходимость в создании специальной должности менеджера по управлению проблемами для координации работы. В других случаях формируются временные команды, которые занимаются расследованием конкретных проблем. В продуктовых организациях управление проблемами часто интегрировано в повседневную деятельность и может быть автоматизировано, что уменьшает потребность в отдельной структуре. Выбор подхода зависит от объема регистрируемых проблем и сложности организации.