В неоптимально организованных ИТ-структурах вторая линия поддержки часто сталкивается с такими проблемами: разобщенность специалистов по направлениям, что приводит к нежеланию брать на себя ответственность за задачи вне своей зоны компетенции; формальный подход к обработке задач без учета их срочности и критичности; непрозрачность процессов, делающая невозможным отслеживание реального статуса инцидентов; перекладывание ответственности с одного специалиста на другого без фактического решения проблемы. Третья линия чаще всего страдает от недостаточной коммуникации со сторонними поставщиками и вендорами, задержек в решении вопросов из-за длительных процедур согласования и недостатка технической экспертизы для быстрого анализа и решения сложных проблем.