Основные проблемы при переходе от рабочей группы к самоорганизованной команде включают: недостаток настоящих профессионалов и мотивированных сотрудников, необходимость обучения людей быть командой без остановки рабочего процесса, сложность перехода через стадию «Пубертат» (подростковый максимализм), где команды склонны к конфликтам и сопротивлению руководству. На ранних стадиях («Детский сад») команда не может самостоятельно идентифицировать проблемы, на стадии «Пубертат» команда идентифицирует симптомы, а не причины проблем, решает удобные задачи, а не те, что тормозят работу, и часто конфликтует со «внешним врагом». Также распространенная проблема - команды застревают на промежуточных уровнях, что приводит к так называемому «карго-культу» и «зомби-скраму», когда формально соблюдается методология, но без настоящего понимания и эффективности.