Переход на самоорганизующиеся команды может быть сложным, потому что традиционные иерархические структуры требуют наличия руководителей для принятия решений и координации работы. Отсутствие чёткой структуры управления может вызывать недоверие, особенно у тех, кто привык работать в жёстко организованных системах. Кроме того, переходный период может быть болезненным, так как необходимо переосмыслить традиционные роли и ответственность. Некоторые руководители могут не соответствовать новым требованиям, которые включают готовность к экспериментам и созданию новой культуры работы, что требует переквалификации или изменения структуры управления.