Основные проблемы включают неполноту данных (измеряются не все аспекты работы), неточность результатов (низкое качество данных и расчетов), недостоверность информации (ошибки и манипуляции), неформализованность целей и критериев оценки, а также ограниченность возможностей по внедрению изменений на основе результатов измерений. Это связано с отсутствием изначального проектирования системы измерений и непонимания её важности.