В функционально ориентированной организации управление сквозными процессами сталкивается с проблемой «пунктирных стрелок» – менеджер процесса не имеет прямого управления над исполнителями из разных подразделений. Это приводит к трудностям координации, конфликтам приоритетов (оперативные задачи подразделения против целей процесса), фрагментации ответственности, сложностям в измерении результата процесса из-за разрозненности KPI подразделений. Также возникает проблема сопротивления изменениям, так как подразделения заинтересованы в сохранении своей текущей эффективности, а не во внесении изменений ради общего процесса.