Основные проблемы включают риск вытеснения функций менеджера сквозного процесса управленческими задачами руководителя отдела поддержки. Это приводит к изолированным видам поддержки, когда обращения поступают напрямую к специалистам без прохождения через первую линию и регистрации в системе. Также возникают сложности в координации между линиями поддержки, особенно в случаях сопровождения прикладных систем, где первая линия часто не обладает достаточной компетентностью для решения задач по прикладному ПО. Пользователи и специалисты начинают обходить первую линию, что снижает эффективность процесса и его ценность, так как основные операционные риски связаны с нарушением работоспособности прикладного ПО.