Опасность использования типовой системы автоматизации без должного понимания её возможностей заключается в том, что заказчик может ожидать от системы больше, чем она может предложить. Система автоматизации, даже очень мощная и гибкая, не диктует процесс и не обеспечивает его исполнение и контроль. Она может содержать элементы, влияющие на процесс (статусы запросов, приоритеты, полномочия по ролям), но не решает задачу организации деятельности сама по себе. Непонимание этого приводит к ситуации, когда заказчик получает систему, но не достигает желаемого результата, так как не учитывает необходимость адаптации процессов, обучения сотрудников, настройки системы под свои нужды и создания системы контроля за выполнением процессов. Типовая система автоматизации — это просто инструмент, требующий правильного применения и сопровождения.